二名法雖然形式上簡單，但背後的命名法規是生物分類學的核心基礎設施，涉及哲學、法律、與資訊科學。
命名法規的哲學基礎
命名法規 (Codes) 的管理原則：獨立性（各 Code 獨立管理各自的生物群）、回溯性（規則適用於過去的命名）、優先權（最早有效發表的名稱優先）、穩定性（名稱一旦確立盡量不改）。這些原則有時互相衝突。例如為維護穩定性，ICZN 允許保留廣泛使用的 junior synonym (nomen conservandum)。
物種概念與命名的緊張關係
命名提供標籤（label），分類反映演化關係。同一物種可能因物種概念不同（BSC vs PSC vs ESC）而有不同命名地位。分裂者 (splitter) 與合併者 (lumper) 的命名密度差異。隱蔽種 (cryptic species)：形態相同但分子差異大 → 命名爆炸。
模式標本法 (Typification)
Holotype 是命名錨點 (name-bearing type)。分子資料挑戰：DNA sequence 可作 "type" 嗎？目前 ICN 不允許純分子模式。Epitype：當 holotype 無法提供關鍵診斷特徵時的補充標本。
同名 (Homonym) 問題
同名：相同拼寫但不同物種的兩個名（如 Pieris = 蝴蝶屬也是杜鵑花屬）。Later homonym 無效。Zoology vs Botany：同名在不同 Code 間不互相排斥（例外：近期推動跨界保護清單）。
命名法與生物資訊學
分類學資料庫：GBIF, Catalogue of Life, IPNI, Index Fungorum。DNA barcoding：BOLD (Barcode of Life Data System)。學名作為唯一標識符的問題：synonym 讓名字不是 Unique ID → LSID (Life Science Identifier) 的推動。
PhyloCode 的挑戰
PhyloCode (International Code of Phylogenetic Nomenclature) 自 2020 生效。以支序定義取代林奈階層，物種名不再有 binomial 格式強制要求。引發傳統分類學界強力反彈。
命名的社會面向
殖民主義遺產：大量物種以歐洲人命名，推動 decolonizing taxonomy。拍賣命名權的爭議。以原住民族語言命名的新趨勢。