病毒學在宏基因組學和結構生物學的推動下正經歷典範轉移，重新定義了病毒的多樣性邊界和演化地位。
巨大病毒與病毒定義的挑戰
La Scola et al.（2003, Science）發現的擬菌病毒（Mimivirus，基因組 1.2 Mb，>900 個 ORF）打破了「病毒必然微小」的教條。隨後發現的 Pandoravirus（2.5 Mb, Philippe et al., 2013, Science）、Pithovirus（1.5 μm，比某些細菌還大, Legendre et al., 2014, PNAS）和 Tupanvirus（擁有近乎完整的翻譯機器）進一步模糊了病毒與細胞生物的界線。
Forterre（2006, Virus Research）提出「病毒工廠假說」：病毒的「活」形態不是病毒粒子（virion），而是細胞內的病毒複製工廠（virocell）。從這個角度看，病毒粒子只是傳播階段（類似細菌的孢子），而 virocell 才是病毒的營養生長態。
全球病毒組（Virome）
Gregory et al.（2019, Cell）的 Global Ocean Viromes 2.0（GOV2）數據集從海洋宏基因組中識別了 ~200,000 個病毒基因組片段，其中 >90% 無法分類到已知科——被稱為「病毒暗物質」。Paez-Espino et al.（2016, Nature）利用 IMG/VR 數據庫估計地球上可能有 10³¹ 個病毒粒子，蘊含的遺傳多樣性遠超所有細胞生物的總和。
RNA 病毒的深層演化
Wolf et al.（2018, mBio）利用 RdRp 的保守結構域進行了迄今最全面的 RNA 病毒系統發育分析，將所有 RNA 病毒劃入五個「超群」（megagroup）。該分析暗示 RNA 病毒可能有單一起源，且 RdRp 的演化歷史比預期更有結構性（非完全隨機漂移）。Koonin & Dolja（2014, Ann Rev Microbiol）進一步提出 RNA 病毒可能起源於前細胞的 RNA 世界。
CRISPR 與病毒-宿主軍備競賽
CRISPR-Cas 系統是原核生物的適應性免疫，記錄了宿主與噬菌體的共演化歷史。Barrangou et al.（2007, Science）首次實驗證明 CRISPR 的抗病毒功能。但噬菌體也演化出了反制策略：anti-CRISPR 蛋白（Bondy-Denomy et al., 2013, Nature）能抑制特定 Cas 蛋白。Landsberger et al.（2018, Cell）發現 anti-CRISPR 蛋白的群體效應——單一噬菌體的 anti-CRISPR 不足以壓制 CRISPR，但群體感染時累積效應可使宿主防禦崩潰，這與噬菌體的準社會行為（quorum-sensing 調控的溶裂/溶原決策）呼應。
病毒在生態系統中的角色
「病毒分流（viral shunt）」概念（Wilhelm & Suttle, 1999, BioScience）指出：海洋病毒每天裂解 ~20-40% 的海洋細菌，將細胞內容物釋回溶解有機物（DOM）池中，深刻影響海洋碳循環。Breitbart（2012, Curr Opin Microbiol）估計病毒溶裂每年釋放約 150 Gt 碳回到 DOM 中。