轉錄體學作為功能基因體學的核心支柱，經歷了從封閉式（probe-based）到開放式（sequencing-based）的典範轉移，當前正走向多模態整合和時空分辨的新階段。
轉錄體的複雜性
人類基因體的轉錄複雜度遠超最初預期。ENCODE 計畫揭示超過 75% 的基因體被轉錄，產生龐大的非編碼 RNA 庫。選擇性剪接使 ~20,000 個蛋白質編碼基因產生 >200,000 種轉錄本異構體（isoforms）。GENCODE v43 注釋了 ~62,000 個基因（含非編碼）和 >250,000 個轉錄本。
長讀定序與 isoform 解析
短讀 RNA-Seq 的根本限制是無法直接觀察全長轉錄本。PacBio Iso-Seq（using SMRT sequencing）和 ONT direct RNA sequencing 可以讀取完整 mRNA（including poly(A) tail），直接鑑定 isoform 結構而不需計算推斷。FLAIR 和 IsoQuant 針對長讀數據進行 isoform 鑑定和定量。ONT 的 direct RNA sequencing 更能直接偵測 RNA 修飾（如 m6A），不需要化學處理。
- Visium（10x Genomics）：組織切片上的 barcoded spots（55 μm，含 ~10 個細胞），capture 全轉錄體
- MERFISH/seqFISH：基於螢光原位雜交的成像方法，subcellular resolution，但通量受限於探針數（通常數百到數千個基因）
- Slide-seq/HDST：高解析度的 spatial barcoding，接近單細胞
- Stereo-seq（BGI）：sub-cellular resolution + 全轉錄體
轉錄調控的系統觀
基因調控網路推斷（Gene Regulatory Network Inference, GRN inference）從轉錄體數據反向工程調控關係。SCENIC（Aibar et al., 2017）結合共表達分析和 cis-regulatory motif enrichment 推斷 regulon（一個轉錄因子及其靶基因的集合）。CellOracle 整合 scATAC-seq 和 scRNA-seq 數據建構 GRN 並進行 in silico perturbation。
時間序列與動態轉錄體
代謝標記方法（metabolic labeling）如 SLAM-seq 和 TimeLapse-seq 使用 4-thiouridine（4sU）標記新合成的 RNA，可以區分新舊 RNA 並計算轉錄速率（synthesis rate）和降解速率（degradation rate），提供轉錄動態的直接測量。