交配制度的研究整合行為生態學、性擇理論、基因體學與賽局理論，是理解表型多樣性與性別衝突的核心領域。
親代投資理論（Parental Investment Theory）
Trivers（1972, Sexual selection and the descent of man, Aldine）指出：投資較多的性別（通常為雌性）成為限制資源，投資較少的性別（雄性）間競爭加劇。Bateman 梯度（Bateman gradient = regression of fitness on mating success, Bateman, 1948, Heredity 2:349）衡量交配成功轉化為繁殖成功的斜率——梯度越陡，性擇壓力越強。然而 Bateman 的原始果蠅實驗近年被批評方法有缺陷（Tang-Martinez, 2019, Integrative and Comparative Biology 59:846），現代研究以 parentage analysis 直接估計 Bateman 梯度。
社會性一夫一妻 vs 基因型一夫一妻
分子親子鑑定（microsatellite/SNP parentage）的普及揭示了 social monogamy 和 genetic monogamy 的巨大差距。Griffith et al.（2002, Molecular Ecology 11:2195）回顧超過 100 種鳥，平均 EPP 約 11%。EPP 的驅動力假說包括：(1) 好基因假說（good genes）——雌性從婚外雄性獲得高品質基因；(2) 遺傳兼容性假說（genetic compatibility）——增加後代 MHC 多態性；(3) 保險假說（fertility insurance）——避免社會伴侶不孕。
性擇的分子基礎
孔雀尾羽的華麗程度與 MHC 多態性相關（Hale et al., 2009, Behavioral Ecology 20:1088）——支持「好基因/兼容性」假說。鹿角大小受 testosterone 調控，testosterone 又具免疫抑制效應→支持 Folstad & Karter（1992, American Naturalist 139:603）的免疫障礙假說（immunocompetence handicap hypothesis, ICHH）：只有高品質個體才「負擔得起」高 testosterone 的免疫代價。
性衝突（Sexual Conflict）
Arnqvist & Rowe（2005, Sexual Conflict, Princeton）將交配制度重新框架為性別間的演化軍備競賽。果蠅的精液蛋白（seminal fluid proteins, Acps）由雄性產生，可操控雌性延遲再交配但同時縮短雌性壽命（Chapman et al., 1995, Nature 373:241）。此發現開啟了「分子層級性衝突」的研究熱潮。
替代交配策略（Alternative Mating Tactics）
同種雄性可能表現截然不同的交配策略——衛星雄性（satellite male）、偷交者（sneaker）、變性（sequential hermaphroditism）。Gross（1996, Trends in Ecology & Evolution 11:92）區分條件依賴策略（conditional strategy，同一基因型隨環境表現不同策略）與混合 ESS（不同基因型頻率依賴）。裂唇魚（Labroides dimidiatus）的體型依賴性轉換為經典案例。
前沿
(1) 基因體學揭示性染色體演化與交配制度的關聯。(2) long-term pair bond 的神經內分泌機制——prairie vole 的催產素/血管加壓素受體多態性（Young & Wang, 2004, Nature Neuroscience 7:1048）。(3) 環境變遷如何改變交配制度——暖化改變繁殖同步性→可能使某些一夫一妻物種轉向一夫多妻。