分類階層的哲學基礎、操作問題、與現代替代方案（PhyloCode）是近年分類學爭論的核心。
林奈階層系統的認識論問題
階層無本體論對應：種 (species) 有某程度的生物真實性（生殖隔離），但更高的階層（屬、科、目）是否對應任何自然單位？實際上它們只是人類為方便而命名樹上的分支。
階層的不可比較性：不同生物群的「科」級多樣性差異極大。甲蟲 Curculionidae (象鼻蟲科) 含 5 萬種，而哺乳類 Felidae (貓科) 只含 40 多種。
化石的問題：化石分類必須同時處理 stem group 和 crown group，階層常無法容納從 stem 到 crown 的連續過渡。
Stem group vs Crown group
Crown group：現存物種的 LCA + 其所有子代（含化石）。Stem group：與 crown group 最近但不在 crown 內的所有化石。傳統階層在含大量 stem fossils 時難以分配。
支序分類學 (Cladistics) 對階層的態度
Hennig (1966) 主張：只有單系群可做為分類單元、姐妹群 (sister groups) 應同階層。實際上很少有分類學家完全遵循此規則（因為會產生太多階層）。
PhyloCode (國際系統發育命名法規)
自 2020 年生效。以支序定義 (phylogenetic definition) 取代階層。不使用界、門、綱等 ranks。例如「Mammalia」定義為 "the least inclusive clade containing Homo sapiens and Ornithorhynchus anatinus"。名稱不必是二名法格式。
PhyloCode 的優缺點
優勢：命名直接反映演化假說、不受階層任意性限制、命名穩定性。劣勢：放棄二名法（對許多分類學家難以接受）、少了明確階層就少了教育與溝通方便性、現有 200 萬物種需重新註冊。
人類分類地位的變遷史
Linnaeus (1758)：Homo sapiens (單一物種，無亞種)。19 世紀：多人種後廢棄。20 世紀中：Hominidae 只含人類。1980s 至今：分子資料顯示人與黑猩猩差異小於黑猩猩與大猩猩 → Hominidae 擴展包含全大猿。