現代病毒分類已整合同源基因、蛋白質結構、複製機制、生態學等多元數據。Metagenomics 使病毒多樣性認知爆炸性成長。
ICTV 的最新分類架構
當前版本基於複製相關蛋白 (RdRp, RT, Rep) 的系統發育學、衣殼蛋白結構與摺疊 (fold)、基因組結構。Realm 級分子基礎：Riboviria（RNA virus + retrovirus，共用 RdRp 同源）、Monodnaviria（ssDNA virus，共用 Rep rolling circle）、Duplodnaviria（HK97-fold capsid）、Varidnaviria（double jelly-roll fold capsid）。
Viroid 和 Virusoid
Viroid：circular ssRNA，無 capsid，不編碼蛋白，僅感染植物。透過 ribozyme 活性自我剪切複製。如 PSTVd (potato spindle tuber viroid)。
內源性病毒元件 (EVE)
病毒序列插入宿主基因組。人類基因組 ~8% 源自 retrovirus (HERV)。Syncytin：源自 retroviral env gene，現用於胎盤融合——病毒基因被馴化的經典案例。
巨大病毒 (Giant Virus)
Mimivirus (750 nm，可光學顯微鏡看)：1.2 Mb genome, ~1000 genes。Pandoravirus (1 μm)：2.5 Mb。Pithovirus：1.5 μm, 但 genes 少 (~500)。挑戰病毒定義：有些含 tRNA synthetase、translation factors。
系統發育學爭議
病毒可能是多起源 (polyphyletic)。「病毒先於細胞」假說 (virus-first hypothesis)、「逃逸假說」(escape hypothesis：病毒源自細胞 mobile genetic elements)、「退化假說」(reduction hypothesis：病毒源自退化細胞)。
Metagenomics 與病毒發現
Virome 分析：從環境樣本直接定序 viral particles。海水每 mL 含 ~10⁷ 病毒顆粒。> 99% 病毒序列無資料庫匹配 (viral dark matter)。VirSorter, DeepVirFinder 等生物資訊工具預測新病毒。
病毒演化動力學
Quasispecies (Eigen 1971)：RNA 病毒在宿主內形成突變譜 (mutant spectrum)。Muller's ratchet：瓶頸效應累積有害突變。錯誤閾值 (error threshold)：突變率超過此值 → 病毒崩潰 (lethal mutagenesis)。