抗寄生蟲藥理學涵蓋治療原蟲（Protozoa）和蠕蟲（Helminths）感染的藥物。寄生蟲作為真核生物，與宿主共享大量代謝途徑，選擇性靶點的識別具有挑戰性。被忽視的熱帶疾病（Neglected Tropical Diseases, NTDs）的藥物開發長期受限於市場驅動研發模式的經濟不可行性，DNDi（Drugs for Neglected Diseases initiative）等公私合作平台正試圖改變這一困境。
抗瘧藥的分子藥理學
Chloroquine（CQ）：弱鹼性藥物，經質子化後蓄積於瘧原蟲 digestive vacuole（pH ~5.0）的酸性環境中（Henderson-Hasselbalch trapping）。正常情況下，瘧原蟲消化宿主血紅蛋白產生有毒的游離 ferriprotoporphyrin IX（heme），並經 heme detoxification protein（HDP）將其聚合為無毒的 hemozoin 晶體。CQ 結合游離 heme 並阻止 hemozoin 形成，導致有毒 heme-CQ 複合物堆積，破壞膜結構致死。CQ 抗藥性主要與 pfcrt（Plasmodium falciparum chloroquine resistance transporter）K76T 突變有關，該轉運蛋白將 CQ 排出 vacuole（Fidock et al., 2000）。
Artemisinin（ART）及衍生物：屠呦呦（Tu, 2015 Nobel）從青蒿（Artemisia annua）中提取的倍半萜內酯。其 endoperoxide bridge 被 Fe²⁺-heme 活化，經均裂或異裂產生 carbon-centered radicals，alkylate 多種蛋白質靶點（包括 PfATP6 calcium ATPase 和 PI3K）。ART 對所有無性血液期階段均有快速殺滅作用（parasite reduction ratio ~10⁴/cycle），但半衰期短（~1 h），故需與長效配伍藥物合用（Artemisinin-based Combination Therapy, ACT）。Kelch13 propeller domain 突變（如 C580Y）導致 ART 部分抗藥性，機制涉及增強的 unfolded protein response（UPR）和 PI3K 上調（Mok et al., 2015），使寄生蟲能在 ring stage 進入靜止狀態（quiescence）逃避 ART 殺傷。
Atovaquone：hydroxynaphthoquinone 類，結合 cytochrome bc₁ complex（Complex III）的 Qo 位點，阻斷粒線體電子傳遞鏈和嘧啶從頭合成所需的 dihydroorotate dehydrogenase（DHODH）功能。與 Proguanil 合用（Malarone）產生協同效應。
Primaquine/Tafenoquine：8-aminoquinolines，是唯一能殺滅 P. vivax/ovale hypnozoites 的藥物類別。機制可能涉及粒線體損傷和 ROS 生成。Tafenoquine（2018 FDA 批准）為長效衍生物（T₁/₂ ~14 天），允許單劑治療。兩者均可導致 G6PD 缺乏者急性溶血性貧血，用藥前需 G6PD 檢測——這是藥理遺傳學（pharmacogenetics）的經典案例。
驅蟲藥的分子機制
Ivermectin/Avermectins：大環內酯類，為 glutamate-gated chloride channels（GluCl）的正向變構調節劑（positive allosteric modulator），使通道持續開啟，Cl⁻ 持續內流導致蟲體肌肉超極化和弛緩性麻痺。哺乳動物中 GluCl 不存在，GABA 受體雖對 ivermectin 有低親和力但受 BBB 保護。Crump & Ōmura（2011）詳述了 avermectin 從發現到消滅河盲症（onchocerciasis）的歷程。P-glycoprotein（P-gp）的遺傳多態性影響 ivermectin 腦部分布，MDR1 缺陷動物（如 Collie 犬）可出現嚴重神經毒性。
Benzimidazoles：結合蠕蟲 β-tubulin 的 colchicine-binding site，抑制 microtubule polymerization。蠕蟲 β-tubulin 與哺乳動物 β-tubulin 在此位點的胺基酸差異（如位置 200 的 Phe vs Tyr）賦予藥物選擇性。Albendazole 口服後經 first-pass metabolism 轉化為活性代謝物 albendazole sulfoxide。
Praziquantel（PZQ）：治療 schistosomiasis 和 cestodiasis 的唯一一線藥物。機制涉及蟲體 voltage-gated Ca²⁺ channel 的 β-subunit（CACNA1B orthologue）活化，導致 Ca²⁺ 內流、肌肉痙攣和外皮（tegument）損傷，暴露表面抗原引發宿主免疫攻擊（Greenberg, 2005）。PZQ 為外消旋體，(R)-PZQ 為活性異構體。
前沿與挑戰
Target Product Profiles（TPPs）導向的新藥開發聚焦於：single-dose oral cure、兒童友善劑型、安全性和抗藥性屏障。新靶點包括 kinetoplastid proteasome（如 GNF6702，治療利什曼病和查加斯病）、trypanothione pathway（錐蟲特有的氧化還原防禦）。Genomics-driven drug discovery 利用寄生蟲基因組中與宿主低同源性的必需基因作為候選靶點，已加速了 lead compound 的識別。