脂質體學在系統生物學中的獨特挑戰來自脂質的結構同分異構體（isobaric/isomeric species）多樣性和跨膜雙層的不對稱分布，需要專門的分析和建模策略。
結構解析的層級
LIPID MAPS 定義脂質鑑定層級：
- Species level：headgroup + total carbon:unsaturation（如 PC 36:2）。
- Molecular species：個別 fatty acyl chain（如 PC 18:0/18:2）。
- sn-position：sn-1/sn-2 位置指定。
- Double bond position/geometry：cis/trans、Δ9 vs Δ11。
達到 molecular species 以上需 MS³ 或離子遷移質譜（IMS-MS），如 TIMS-TOF 分離異構體。OzID（ozone-induced dissociation）和 UVPD 可定位雙鍵位置。
定量挑戰
同脂質類的分子離子化效率差異受脂肪酸鏈長、不飽和度影響。理想方案：每個脂質類別都有 isotope-labeled internal standard (IS)。SPLASH® LIPIDOMIX® 提供 14 類脂質的標準混合物。Absolute quantitation 需要 response factor correction。
脂質與膜生物物理
膜脂質組成決定 lipid raft（膽固醇 + 飽和鞘脂富集的微域）的形成，影響 RTK signaling 和 endocytosis。Molecular dynamics simulation（MARTINI coarse-grained force field）可模擬數千個脂質的膜組裝和 phase separation。系統生物學將 lipidomics-measured composition 輸入 MD simulation，預測膜物理性質（厚度、fluidity、curvature）。
Lipid Network Analysis
脂質間透過共享酵素（如去飽和酶將 18:0 → 18:1）形成代謝網路。LION/Web（Molenaar et al., GigaScience, 2019）提供 lipid ontology enrichment analysis。Lipotype（Ejsing lab 衍生公司）的 shotgun lipidomics pipeline 已量化 >800 lipid species per sample，產出的數據可建構脂質通量模型（lipid flux map）。
Oxylipins 與精準發炎分析
花生四烯酸（AA）、EPA、DHA 經 COX、LOX、CYP450 產生 >100 種 oxylipin species。Targeted oxylipin panel（~100 化合物，LC-MS/MS with MRM）可繪製個人化的 pro-resolution vs pro-inflammatory 平衡圖。SPMs（Specialized Pro-resolving Mediators: resolvins, protectins, maresins; Serhan, Nature, 2014）的發現改變了發炎消退是被動過程的傳統觀念。
文獻：Han & Gross (2005) Mass Spectrom Rev 24:367-412 / Shevchenko & Simons (2010) Nat Rev Mol Cell Biol 11:593-598 / Serhan (2014) Nature 510:92-101.