發炎反應（Inflammation）的藥理學調控涵蓋從非處方止痛藥到標靶生物製劑的廣譜，是臨床藥理學的核心領域。現代理解已從傳統的「抑制發炎」轉向「促進發炎消退」（resolution of inflammation）——Serhan 等（2007）發現的 specialized pro-resolving mediators（SPMs）如 lipoxins、resolvins 和 protectins 開啟了此範式轉移。
花生四烯酸級聯與 NSAIDs 的分子藥理學
花生四烯酸（AA）由膜磷脂經 phospholipase A₂（PLA₂）釋放後，進入兩條主要代謝途徑：(1) COX 途徑→PGs/TXs；(2) LOX 途徑→leukotrienes（LTs）。John Vane（1971, 1982 年諾貝爾獎）闡明 aspirin 和 NSAIDs 的作用為 COX 抑制。
COX-1/COX-2 的結構差異在於 COX-2 活性通道入口有一個額外的側口袋（side pocket），由 Val523（COX-2）vs Ile523（COX-1）的差異造成空間差異——Coxibs 的甲基磺醯基或磺醯胺基團嵌入此 side pocket 而實現選擇性（Kurumbail et al., 1996）。
Aspirin 的獨特機制為共價乙醯化 COX-1 Ser530 和 COX-2 Ser516。有趣的是，acetylated COX-2 喪失 PG 合成活性但獲得 15(R)-HETE 合成活性，此產物可被 5-LOX 轉化為 15-epi-lipoxin A₄（aspirin-triggered lipoxin, ATL），具有抗發炎和促消退功能（Clària & Serhan, 1995）。
COX-2 選擇性抑制劑的心血管安全性問題源於 Fitzgerald（2004）提出的「prostacyclin/thromboxane imbalance」假說：COX-2 抑制減少血管內皮 PGI₂（抗血栓、血管擴張），而 COX-1 依賴的血小板 TXA₂（促血栓、血管收縮）不受影響，平衡傾斜導致血栓風險增加。APPROVe trial 中 Rofecoxib 相對風險增加 3.7 倍促使 Merck 於 2004 年全球下市，成為藥物安全性監測史上的里程碑事件。
糖皮質激素的分子機制
GR（NR3C1）為核受體超家族成員。配體結合後 GR 與 heat shock proteins（Hsp90/Hsp70）解離，二聚化後核轉位。基因組效應包括：
- 反式活化（transactivation）：GR 二聚體結合 glucocorticoid response elements（GREs），誘導抗發炎基因——annexin A1（抑制 PLA₂）、MAPK phosphatase-1（MKP-1，去活化 MAPK 訊號）、IκBα（抑制 NF-κB）
- 反式抑制（transrepression）：GR 單體直接與 NF-κB p65 和 AP-1 交互作用（tethering mechanism），抑制促發炎基因（COX-2, iNOS, TNF-α, IL-1β, IL-6）的轉錄
Barnes（2006）提出 GR 對 histone deacetylase 2（HDAC2）的招募是 transrepression 的重要機制——去乙醯化促發炎基因啟動子的 histones 使 chromatin 凝縮，沉默基因表達。氧化壓力和 PI3Kδ 活化可降低 HDAC2 表達和活性，部分解釋了嚴重 COPD 和吸菸氣喘患者的類固醇抗性（steroid resistance）。
標靶生物製劑與小分子
TNF-α 抑制劑（Adalimumab、Infliximab、Etanercept）開創了自體免疫疾病的標靶治療時代。Feldmann & Maini（1990s）在類風濕性關節炎中證實 TNF-α 為關鍵上游 cytokine 後，anti-TNF 療法成為最成功的生物製劑類別，全球年銷售額曾超過 400 億美元。
JAK inhibitors（Tofacitinib, Baricitinib, Upadacitinib）為口服小分子，抑制 Janus kinase 家族，阻斷 cytokine receptor 的 JAK-STAT 訊號傳遞。不同 JAK 亞型（JAK1/2/3, TYK2）的選擇性抑制決定了療效譜和副作用特徵。FDA 2021 年對 Tofacitinib 加入黑框警告（心血管事件和惡性腫瘤風險），JAK 選擇性與安全性的關係仍在研究中。
發炎消退的新藥理學
Serhan et al.（2002, 2007）系統發現的 SPMs——包括 Lipoxin A₄、Resolvin D1/E1、Protectin D1 和 Maresin 1——為 AA、EPA 和 DHA 的酶促代謝產物，主動驅動發炎消退而非僅「被動停止」發炎。SPMs 的藥理學開發（穩定類似物和小分子激動劑）可能開啟「促消退療法」（pro-resolution therapy）的新範式，但臨床轉譯仍處於早期階段。