共滅絕（Coextinction）是生物多樣性喪失中最被低估的面向，其理論基礎整合了寄生蟲學、網絡生態學與巨觀演化。
寄生蟲共滅絕的量化
Stork & Lyal（1993）首先提出「每一種鳥類/哺乳類的滅絕伴隨多種專性寄生蟲的消失」。Koh et al.（2004, Science）以 12,200 種蝨子-鳥類/哺乳類的宿主專一性矩陣建模：假設一種宿主滅絕 → 其所有專性寄生蟲（只寄生該宿主的物種）共滅絕。以 IUCN 瀕危名單推算，若所有目前受威脅的宿主滅絕，約 ~6,300 種蝨子（佔已知蝨子物種的 ~30%）將面臨共滅絕。Colwell et al.（2012, Biol. Conserv.）進一步指出寄生蟲共滅絕的數量可能超過宿主滅絕的 3-10 倍。
互動網絡中的級聯滅絕
Dunne et al.（2002, Ecol. Lett.）以食物網拓撲模型模擬移除節點後的次級滅絕（secondary extinction）。關鍵發現：(1) 移除度最高的節點（most-connected）比隨機移除造成更多次級滅絕；(2) 食物網的健壯性（robustness）與連結度（connectance）正相關。Memmott et al.（2004, Proc. R. Soc. B）將此擴展至授粉網絡，發現植物滅絕造成的次級滅絕比動物滅絕更嚴重——因為授粉網絡中植物是「基礎層」。
共演化與共滅絕的連結
高度共演化的互利系統（如無花果-無花果蜂、蘭花-蘭花蜂）因為極端專一性而最脆弱。Dunn et al.（2009, Proc. R. Soc. B）的網絡分析指出，共演化程度越高的物種對，共滅絕風險越高——這創造了一個「共演化陷阱」：專一性帶來的效率優勢在穩定環境中有利，但在擾動下變成脆弱性。
氣候變遷與共滅絕
Strona & Lafferty（2016, Sci. Rep.）將共滅絕整合到氣候變遷情境中的物種分布模型：宿主分布範圍縮減 → 寄生蟲的有效棲地更小 → 共滅絕風險非線性增加。Carlson et al.（2017, Sci. Adv.）以全球蠕蟲類寄生蟲資料庫估計：即使溫和的氣候變遷情境（RCP 4.5）下，約 ~30% 的寄生蟲物種將因宿主分布改變而面臨共滅絕。
分類學盲點的嚴重性
Windsor（1998, Int. J. Parasitol.）的經典估計：全球物種中 ~30-50% 可能是寄生蟲，但 IUCN 紅色名錄中幾乎不評估寄生蟲——造成滅絕速率的系統性低估。Costello et al.（2013）估計目前僅描述了約 10-20% 的寄生蟲物種多樣性。
前沿：博物館標本 DNA 重建已滅絕宿主的寄生蟲群落（如 Whiteman et al., 2004 以旅鴿羽蝨 DNA 驗證共滅絕）；地球系統模型整合寄生蟲-宿主網絡的級聯動態；以及以 eDNA 環境 DNA 監測寄生蟲多樣性變化。