植物多樣性研究在基因組學、化石紀錄和生態功能分析的三重推動下持續深化。
植物登陸的基因組學視角
Bowman et al.（2017, Cell）對地錢（Marchantia polymorpha）基因組的分析揭示了陸生植物基因工具箱的最小集合：已具備生長素（auxin）運輸、ABA 訊號、基本的根與葉發育調控因子。One Thousand Plant Transcriptomes Initiative（2019, Nature）對 1,124 種植物的轉錄組分析，重建了植物全基因組複製（WGD）事件的歷史——發現幾乎所有主要植物類群的輻射分化都與 WGD 事件相關。
被子植物起源之謎——「達爾文的可惡之謎」
被子植物在白堊紀早期（~130 Ma）突然出現並快速輻射分化，達爾文稱之為「abominable mystery」。Buggs（2021, Am J Bot）回顧了此問題的現代進展：分子鐘估算暗示冠群起源可能早於化石紀錄（三疊紀？），但缺乏前白堊紀的確定化石支持。Amborella 基因組（2013, Science）作為現存被子植物最基部的物種，揭示了祖先被子植物可能經歷了多次 WGD，但其基因組相對保守地保留了古老的基因排列。
維管束的演化與功能多樣化
Brodribb et al.（2020, New Phytol）綜述了葉脈密度（vein density）的演化：被子植物的葉脈密度顯著高於蕨類和裸子植物（平均 8 mm/mm² vs 2-4），這提供了更高的氣孔導度和光合速率。Zwieniecki & Boyce（2014, Proc R Soc B）提出假說：被子植物高葉脈密度的演化與白堊紀 CO₂ 下降同步，是維持光合效率的適應性回應。
花的多樣化與授粉者驅動的物種形成
van der Niet & Johnson（2012, Annals of Botany）的 meta-analysis 表明授粉者轉移（pollinator shift）是被子植物物種形成的主要驅動力之一。Grant 效應（花的形態轉變隔離了不同授粉者群體）在蘭科尤為顯著——蘭科是被子植物最大的科（~28,000 種），其高物種多樣性主要由高度專化的授粉機制和表觀遺傳變異驅動。
Soltis et al.（2019, Nature Plants）將基因組數據與花器官發育的 ABC 模型整合，提出被子植物花的基本「工具箱」（MADS-box 轉錄因子家族）在基部被子植物中就已建立，後續的多樣化主要是調控網絡的微調而非全新基因的發明。