保育生物學作為「危機學科」（crisis discipline, Soulé, 1985），融合基礎生態學理論和實務管理，在全球生物多樣性急速流失的背景下具有迫切的現實意義。
第六次大滅絕的證據與爭議
Ceballos et al.（2015, Science Advances）利用化石記錄的背景滅絕率（~2 E/MSY，即每百萬物種年 2 次滅絕）作為基線，估計現代脊椎動物滅絕率高出 100 倍以上。但 Régnier et al.（2015）指出無脊椎動物（特別是島嶼蝸牛）的滅絕可能被嚴重低估。IPBES（2019）的全球評估報告估計約 100 萬種物種面臨滅絕風險。Living Planet Index 顯示 1970 年以來全球野生動物族群平均下降 69%（WWF, 2022）。
滅絕債務（Extinction Debt）
Tilman et al.（1994）提出：棲地喪失的滅絕效應有時間延遲——當前的物種數可能尚未達到新平衡值，未來還會繼續下降。這意味著即使今天停止所有棲地破壞，仍會有物種滅絕。Kuussaari et al.（2009）在歐洲蝴蝶中實證了此效應。移民信用（immigration credit）是對稱概念——棲地恢復後物種殖民也有時間延遲。
系統保育規劃（SCP）
Margules & Pressey（2000）在 Nature 的奠基論文建立了 SCP 框架：設定保育目標→收集生物多樣性數據→評估現有保護區差距→選擇新保護區（用互補性原則最大化保護效率）→實施和監測。Marxan 是最廣泛使用的保護區選址演算法，以模擬退火法（simulated annealing）在最小成本下達成保育目標。Ball et al.（2009）的 Marxan 衍生工具已應用於全球超過 100 個國家的保護規劃。
30×30 目標：昆明-蒙特婁全球生物多樣性框架（2022）設定 2030 年保護至少 30% 的陸地和海洋的目標。Dinerstein et al.（2019）提出的 Global Safety Net 識別了需要保護的關鍵區域。
保育遺傳學與基因組學
分子標記（microsatellites → SNP arrays → whole genome sequencing）用於評估族群遺傳結構、有效族群大小（Ne）和近親衰退程度。基因組資訊指導遺傳拯救（genetic rescue）——佛羅里達美洲獅的成功案例（Johnson et al., 2010）。環境 DNA（eDNA）從水或土壤樣本中偵測物種存在，革命性地提升了監測效率——Thomsen et al.（2012）展示 eDNA 在偵測稀有水生物種方面優於傳統調查。基因組輔助保育（conservation genomics）還可識別適應性遺傳變異（adaptive variation），指導族群翻轉（assisted gene flow）以因應氣候變遷。